与代理理论平行发展的是交易成本理论。交易成本理论不同于代理理论的是其不总是借助正式合约来分析所有交易，认为企业是为了应付复杂的、不确定的环境而建立的合作组织，交易改在企业内部完成并由管理过程控制，可以弥补具有一定成本和效率损失的市场交易的局限。交易成本理论应用的缺陷在于交易成本环境难于准确定义，仅以有限方式在实际组织中进行了检验，多数结论缺乏缜密的分析，管理会计中心问题即分权经营单位的业绩评价的手段没有得到相应的发展。 铁路公司代表性的成本会计方法，主要包括记录和汇总现金交易，编制汇总成本财务报告，进行营业统计等。19世纪80年代起，铁路公司的成本会计方法被更大规模的销售企业、钢铁公司等所采用并加以发展。销售企业按部门和地理区域统计关于销售周转的明细情况，并编报类似于后来收入中心所用的业绩报告。而钢铁公司对协调、控制所需的统计数据进行了发展，将铁路业早已采用的会计凭单制度（Voucher system of accounting）加以引进，并将成本报表作为控制工具，工商税务变更，如卡耐基（Andrew Carnegie）钢铁公司将成本报表用于业绩评价、质量检查、副产品决策、销售定价等方面。但这时的成本控制还只集中于直接人工和材料，很少注意到间接制造费和资本成本（如折旧和利息费用等）。
现行的财务会计系统是以对外报告财务指标为目的的，工商税务代办公司，而财务会计本身通常是准政治体制的产物(社会过程)。从历史的发展情况看，管理会计系统作为服务于企业内部管理当局的必然工具，工商税务注销，与财务会计系统适当分离时往往就意味着大发展的契机 (如科学管理运动时期)，依附于财务会计系统时往往则裹足不前(如三十年代初到七十年代末的财务会计主导阶段)。我们认为，工商税务，管理会计系统应与财务会计系统适当分离。为了更好地服务于企业的战略和长远发展，管理会计的重心不应仅仅是数字处理程序的建立，而应该是管理控制系统的完善；不仅要提供和使用与企业长远竞争地位攸关的非财务指标，综合地衡量企业的财务业绩和非财务业绩，还要促使企业将重心转向有效管理各种有形资产和无形资产。颇有意味的是，中国的资产重组企业在现行的财务会计报告体系下帐面上可能好看了，但他们中有很多在管理效率和经济效益上并没有实质性的提高。故我们在此顺便提醒投资者对中国股市中的 “资产重组概念”应冷静地看待和分析。另外，管理会计控制系统对促进组织效率的提高，在其设计和运行中还需要企业整体有关人员的参与和配合 (如科学管理运动时期，机械工程师对管理会计系统的成功起着十分重要的作用)。
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